Нижние листья пальчатопятираздельные, в очертании яйцевидные или округлые, супротивные, снизу светло-зеленые, сверху темно-зеленые, опушенные. Верхние листья продолговато-эллиптические с тремя лопастями.

Цветки мелкие, двугубые, собраны мутовками в длинные соцветия. Венчик розовый или розово-фиолетовый. Цветет пустырник с июня по сентябрь; медопродуктивность высокая — 300—350 кг/га. Плод распадается на 4 мелких орешка трехгранной формы. Все растение сероватого цвета от покрывающих его волосков. Широко распространен в Европе и Азии (преимущественно Сибирь).

В медицине применяется также пустырник сердечный (Leonurus cardiaca), отличающийся от пятилопастного в первую очередь голыми, почти без опушения, стеблями и меньшей медопродуктивностью.

Родовое название пустырника однозначно указывает на основные местообитания растения — пустоши, заброшенные земли, пустыри и т. д.

Латинское же родовое название более образное и происходит от слов 1ео (лев) и ига (хвост), то есть что-то вроде ЛЬВИНЫЙ хвост, что связано с внешним обликом стеблей, увенчанных соцветиями, которые отдаленно напоминают хвост царя зверей.

Лекарственным сырьем служит трава пустырника, собираемая во время цветения.

В народной медицине применяется в зависимости от дозы как успокаивающее либо тонизирующее, стимулирующее средство — при болезнях сердца, сердечно-сосудистых неврозах, гипертоний, кардиосклерозе, миокардите, катаре легких, желудочных спазмах и нервных потрясениях (у детей при испуге).

Применяется 20 % спиртовая настойка (по 30—35 капель на один прием), а также сок из свежего растения (25—30 капель на 2 столовые ложки воды; принимают за полчаса до еды). Используют также высушенную траву для настоев и отваров.