Цветки темно-красные. Цветение начинается в мае, заканчивается в июне.

Плод — сжатый орешек (5—6 мм) с загнутыми шипиками по всей поверхности. Встречается вблизи жилья, дорог, тропинок, на пустырях, полях и огородах.

Лекарственным сырьем являются корни, которые заготавливают ранней весной (до периода роста) или поздней осенью (после завершения вегетативного периода), а также трава чернокорня, собранная в начале цветения.

Чернокорень лекарственный — довольно ядовитое растение, содержащее комплекс биологически активных веществ (алкалоиды, горечи, дубильные вещества, глюкоалкалоид), которые оказывают целебное действие лишь в очень малых дозах, в частности, применяются в гомеопатии.

Передозировка препаратов чернокорня чревата отравлениями, поэтому крайне нежелательно применение их для лечения детей или беременных женщин, кормящих матерей. Фитотерапию с использованием чернокорня лекарственного желательно проводить под контролем врача.

В гомеопатии используется препарат из свежих корней.

Настой из высушенных корней применяют в народной медицине при желудочно-кишечных кровотечениях, сопровождающихся поносом, а также при кровохаркании, кашле. Чернокорень лекарственный обладает ярко выраженными крововосстанавливающими, противосудорожными и обезболивающими свойствами.

Наружно используется в качестве местной анестезии при ушибах, ранах, переломах, а также для ускоренного сростания костей. Как противовоспалительное средство применяется для компрессов при воспалительных заболеваниях кожи. В народной медицине практикуется и как средство, укрепляющее корни волос, против облысения.

Настой (1:30) применяют по 1 чайной ложке 3—4 раза в день. Свежий сок, разбавленный водой, применяют по 2—3 капли 4 раза в день. 

Чернокорень используется также как инсектицидное средство для борьбы с вредными насекомыми и, благодаря резкому мышиному аромату (крыс и мышей прогоняет запах, похожий на запах их собственных экскрементов), для борьбы с грызунами-вредителями.