Цветки синие, по форме напоминающие средневековый рыцарский шлем, с опушенными чашечками, собраны в одностороннюю кисть. Плоды мелкие, плоские, черные, округлые.

Во время цветения, с июня по август, растение активно посещают пчелы, собирающие нектар и пыльцу. Мед, полученный на пасеках вблизи зарослей шлемника байкальского, обладает куда большими целебными свойствами, чем обычный мед.

Шлемники вообще, и шлемник байкальский в особенности, достойны внимания потребителей аптечных препаратов, фармацевтов и фармакологов, ученых, разрабатывающих современные препараты.

Шлемник байкальский по праву занимает одно из первых мест в китайской народной медицине (известен под названием Хуан-цинь), встречаясь в прописях лекарств, предназначенных для лечения гипертонии, неврастении, желтухи, нарушений менструального цикла, общеукрепляющих и тонизирующих средств. Способствует повышению содержания гемоглобина в крови. Обладает антиаллергенным действием, что особенно важно и актуально в связи с почти повсеместным нарастанием бытовой, химической и пищевой аллер-гизации населения.

В тибетской медицине под названиями dpa-po-ser-po (дпа-по-сер-по) и hong-len (хонг-пэн) шлемник байкальский использовался при разнообразных воспалениях, интоксикациях, тугоподвижности бедра при болезнях рлунг (связанных с нервной регуляцией) и хронической лихорадке.

Препараты из корней и корневища шлемника байкальского обладают свойством снижать артериальное давление и успокаивать нервную систему, поэтому в официальной медицине их используют при гипертонии, частых сердцебиениях и для лечения миокардита.

Настойка готовится из расчета 25 г сырья на 100 мл спирта; ее принимают по 15—25 капель (разбавляя чистой водой) 3 раза в день за полчаса до приема пищи.

В Украине и России разработаны аптечные препараты из шлемника байкальского.