Травянистый многолетник высотой до 1 м, чаще 50—70 см. Листья снизу имеют опушение, черешки также опушенные. Корни с утолщениями, что и дало видовое название растению — клубненосный.

Цветет в июне—июле. Цветки темно-розовые, неправильные, собраны по 10—16 в цветковые кольца. Плод — орешек. Встречается растение на лесных опушках или полянах в равнинной местности, иногда в степи, на склонах.

В тибетской медицине корневища с клубнями зопника клубненосного, известного на территории Монголии (монгольская ветвь тибетской медицины) под названием lug-mur (луг-мур), использовались при сухости горла, болезнях легких.

Трава, собранная в начале цветения, содержит аскорбиновую кислоту, дубильные вещества, алкалоиды, медь, никель, марганец, магний, железо.

 Используется при хроническом гастрите для нормализации кислотности: она повышается или понижается в зависимости от состояния секреции желудочного сока. Также применяется при заболеваниях органов дыхания и др. — аналогично зопнику колючему.

Настой травы (2 столовые ложки на 2 стакана кипятка) пьют по полстакана в теплом виде 4 раза в день перед едой.

Корневые утолщения используются в лечебном питании в печеном, жареном, вареном и сушеном виде (подобно сушеному картофелю); их также измельчают в муку, из которой готовят блины и оладьи.