Неправильные двуполые цветки образуют на концах ветвей разреженные колосовидные, почти однобокие соцветия.

Венчики цветков ярко-синие, реже белые или розоватые.

Иссоп цветет почти все лето — с июня до начала августа (после срезания соцветий отрастают новые побеги, и повторное цветение продолжается до осени). Он является высокопродуктивным медоносом: пчелы собирают около 500 кг меда с 1 гектара плантаций. Привлекает растение и других насекомых-опылителей: с утра до вечера над зарослями цветущего иссопа мерцает и переливается всемикрасками живое «покрывало» из порхающих бабочек — лимонниц, голубянок, дневного павлиньего глаза...

Используется иссоп и в качестве лекарства, и как пряность. Свежие или сухие листья употребляют в соусах и рагу, в качестве приправы к рыбным блюдам; молодая ароматная зелень — хорошая приправа к овощным салатам и винегретам. Для использования в кулинарных целях листья собирают обязательно до цветения (урожай зеленой массы, собираемой многократно в течение лета, доходит до 2,5 кг/м2), а для лечебных целей — в самом начале цветения.

В качестве лекарственного средства иссоп лекарственный используется при лечении хронических бронхитов и нервного кашля, при астме, воспалительных процессах во рту и гортани.

Обладает иссоп мочегонными и ветрогонными свойствами, а в Болгарии применяется в народной медицине также при повышенной потливости.

Заваривают 2 чайные ложки травы стаканом кипятка и пьют в течение дня; лечение проводится на протяжении 3—4 недель.